Поред Батајнице пролази аутопут за Нови Сад и важна железничка пруга, према Шиду и Новом Саду са једне и према Београду са друге стране. Постоји и обилазна пруга која иде према Сурчину, али се због тога што мост у Остружници није саниран - не користи.
Кроз само насеље пролази магистрални пут који је узак а прометан, па су честе саобраћајне незгоде и гужве пред раскрсницу у центру насеља. На том месту рачвају де путеви према Новом Саду, Бановцима и Угриновцима. Овај пут повезан је са новосадским аутопутем петљом која се налази на улазу у насеље.
Планира се изградња нове петље и спајање новосадског аутопута са загребачким, као и са обилазницом око Београда. Такође, планиране су две обилазнице око Батајнице као и изградња ранжирне железничке станице.
Јавни превоз ослоњен је на аутобусе Интегрисаног тарифног система, и то на линије 73 (Нови Београд /Блок 45/ - Батајница /жел. станица/),702 (Батајница /жел. станица/ - Бусије /Црква/), 703 (Батајница /жел. станица/ - Угриновци), 706 (Зелени венац - Батајница) и 706Е (Земун /Кеј ослобођења/ - Батајница), у ноћном превозу ангажована је линија 701 (Трг Републике - Нова Пазова). Осим возила Интегрисаног тарифног система, кроз Батајницу пролазе аутобуси приградских линија ка Бановцима, Сурдуку, Пазови, али и међуградских према Новом Саду, Суботици, Сомбору...
Кроз Батајницу пролазе и две линије градке железнице - Беовоза, а заустављају се сви путнички возови који саобраћају према Новом Саду и Шиду.
